Выявлено завышение объемов, как оформить снятие

Ирина, спасибо, т.е всё-таки вариант отрицательных КС-2 и КС-3 возможен, просто в интернете нашла немного другую информацию:
Законодательством не предусмотрено возможности составления
акта по форме КС-2 и справки по форме КС-3 с отрицательными показателями.
Указания по применению и заполнению форм первичной учетной документации по
учету работ в капитальном строительстве и ремонтно-строительных работ
(утверждены постановлением Госкомстата РФ от 11.11.1999 № 100) также не
предполагают возможности составления акта по форме КС-2 и справки по форме КС-3
с отрицательными показателями.

Согласно п. 5 ст. 9 Федерального закона от 21.11.1996 № 129-ФЗ «О бухгалтерском учете», п. 16 Положения по ведению бухгалтерского учета и бухгалтерской отчетности в Российской Федерации (утверждено приказом Минфина России от 29.07.1998 № 34н), п. 4 Положения о документах и документообороте в бухгалтерском учете (утверждено Минфином СССР 29.07.1983 № 105 по согласованию с ЦСУ СССР) ошибки в первичных документах исправляются следующим образом: зачеркиваются неправильный текст или суммы и надписываются над зачеркнутым исправленный текст или суммы. Зачеркивание производится одной чертой так, чтобы можно было прочитать исправленное (в тексте и цифровых данных первичных документов подчистки и неоговоренные исправления не допускаются). Рядом с исправленной записью следует указать «исправлено» (или «исправленному верить»), поставить подписи лиц, подписавших документ ранее, и дату внесения исправления.

По нашему мнению, изменения в акт о приемке выполненных работ (КС-2), а также в справку о стоимости выполненных работ и затрат (форма КС-3) должны быть внесены указанным выше способом.

Однако составление форм КС-2 и КС-3 с отрицательными числовыми показателями, как мы думаем, не соответствует требованиям законодательства к оформлению первичных учетных документов.

Буду советоваться с Заказчиком и бухгалтерией

Анна,где в моем ответе по указанной ссылке Вы увидели отрицательные КС-2, КС-3? Ссылку дала, чтобы Вы прочитали там вложенный мною файл.

Добрый день! Это вопрос бухгалтерии. Вам от Заказчика нужно получить письмо, что в ходе проверки выявлены несоответствия перечня выполненных работ. С этим письмом Заказчик направляет акты КС-2 с исправлениями и просит в письме оформить корректировочные счета фактуры. А излишне уплаченную сумму просит вернуть. Приложения к письму - Акты КС-2 с вычеркнутыми от руки объемами. Итого по акту без НДС - вычеркнуть - написать ручкой сумму цифрами и прописью. Дальше на акте ручкой пишется работы на сумму.... не выполнены  и выполняться не будут. дата. печать.
Только на основании этих документов от Заказчика Ваша бухгалтерия сделает сторно.