Даня, Ваш подрядчик, похоже, вручную пытался залезть в стоимость машин и механизмов, а может еще куда-то (при этом перекосил). Но не выйдя на нужную сумму, перекошенные стоимости вовсе удалил и получил минусовые цифры. Попробуйте сравнить стоимость крана и автомобиля по эталонной базе ТСЭМ-021102 и ТСЭМ-400002 со стоимостями по расценке ТЕРм08-02-412-02 (из пункта 5 сметы). Сравнивая со своей Челябинской базой (близкой по стоимости к Новосибирску) аналогичные механизмы по ТСЭМ, получаю расхождение в разы по их стоимости в Вашей расценке ТЕРм08-02-412-02.
Перевела Вашу смету автоматом в ТЕР Челябинской области: все встает на свои места и нет никаких минусов.