УСН и понижающий коэффициент

То есть компенсацию НДС можно понижать тоже?

Еще добавлю, ранее в МДС 81-35.2004 была такая формулировка

4.100. Суммы налога на добавленную стоимость (НДС).
Сумма средств по уплате НДС принимается в размере, устанавливаемом законодательством
Российской Федерации, от итоговых данных по сводному сметному расчету на строительство и
показывается отдельной строкой (в графах 4 - 8) под наименованием "Средства на покрытие
затрат по уплате НДС".
В тех случаях, когда по отдельным видам объектов строительства законодательством
Российской Федерации установлены льготы по уплате НДС, в данную строку включаются только
средства, необходимые для возмещения затрат подрядных строительно-монтажных организаций
по уплате ими НДС поставщикам материальных ресурсов и другим организациям за оказание
услуг (в том числе по проектно-изыскательским работам). Размер этих средств определяется
расчетом в зависимости от структуры строительно-монтажных работ.

Отсюда можно предположить, что в смете нужно определить и показать компенсацию НДС с понижающим (чтобы затем перенести эту строку в ССР), то есть поставить сначала понижающий коэффициент, затем формулу компенсации НДС для УСН с учетом понижающего коэффициента.

Однако, сейчас данный МДС отменен, а в новой методике на этот счет  сказано только:

180. За итогом сводного сметного расчета приводится сумма налога на добавленную стоимость, принимаемого в размере, установленном законодательством Российской Федерации.
181. Расчет суммы налога на добавленную стоимость выполняется от итогов глав 1-12 сводного сметного расчета с учетом резерва средств на непредвиденные работы и затраты, за исключением стоимости работ и услуг, не подлежащих налогообложению в соответствии со статьей 149 Налогового кодекса Российской Федерации (Собрание законодательства Российской Федерации, 2000, № 32, ст. 3340;2020, № 31, ст.5024).  

делаю по второму варианту