Как можно учесть ночную погрузку и перевозку грунта с площадки?

Если условие выполнения работ в ночное время поставлено заказчиком, то он должен компенсировать затраты работодателя (подрядчика)  на выплату заработной платы работникам, занятым на данных видах работ.
В соответствие с действующим законодательством:
Работодатель обязан оплачивать работу в ночное время в повышенном размере (по сравнению с работой в нормальных условиях). Ночным временем считается период с 22 часов до 6 часов.
Важно! Минимальный размер повышенной оплаты труда за работу в ночное время установлен Правительством РФ для всех систем оплаты труда и составляет 20% часовой тарифной ставки за каждый час работы в ночное время (или 20% оклада, рассчитанного за час работы в ночное время). Работодатель обязан оплачивать работу в ночное время как минимум по указанным ставкам.
Доплата начисляется только на часовую тарифную ставку  или оклад, рассчитанный за час работы (без учёта других доплат и/или надбавок, получаемых работником).
Конкретный размер повышенной оплаты за работу в ночное время устанавливается трудовым договором с работником.
Важно! При наличии в организации представительного органа работников конкретный размер повышения оплаты труда за работу в ночное время может быть установлен локальным актом, принятым с учетом мнения представительного органа работников.
Кроме того, размер повышенной оплаты труда за  работу в ночное время, может быть предусмотрен в коллективном трудовом договоре (при его наличии).
Условия компенсации затрат на выплату заработной платы работникам обговорите с заказчикам и включите в договор (доп.соглашение, техническое задание, ПОС, ППР и т.д.)