Каким нормативным документом мы пользовались при определении НМЦК до выхода 841/

Да, но там ничего не сказано, что базовая стоимость по СД, получившей положительное заключение экспертизы - константа.
Сейчас поясню в чем вопрос: ПСД прошла экспертизу в 2018 году, в 2019 году сформировали НМЦД, взяв базовую стоимость из СД и умножив ее на индекс 2 квартала 2019 года, в декабре
2019 года заключили контракт и в конце 2020 года построили объект.
Сейчас пришла проверка и говорит, что все хорошо, но стоимость оборудования нужно было определить методом обратного счета (т.е. если по заключению экспертизы оборудование стоило условно 1000 в ценах 2018 года, то нужно было изменить его базовую стоимость , т.е. 1000/индекс 2 кв. 2019г/ НДС (таким образом снизить базовую стоимость, получившую положительное заключение, но текущая как была 1000  так и осталась).
Я даже не знаю как быть с таким вопросом....