Как осметить работу

Владимир,
Это называется калькуляция по трудозатратам. Если заказчик, согласен на такой способ оценки стоимости (при наличии утвержденных сметных нормативов), договаривайтесь.
А вообще, не все так безрадостно, как Вы описали (даже если считать по сметным нормативам). Давайте по пунктам:
1. На разработку рабочей документации существуют Справочники базовых цен. Если их нет, то совершенно законно оценить стоимость проектных работ по калькуляции трудозатрат (форма 3П).
2. Транспортные расходы на доставку рабочих  на расстояние более 3 км при отсутствии городского транспортно - не бесплатно. Оплачиваются по фактически произведенным затратам.
3. Комплектация материалами - тоже не бесплатно (транспортные, комплектация, заготовительно-складские и т.д.)
4. Такие затраты включены в норматив накладных расходов, которые применяются для каждой расценки в %% от ФОТ.
5. Пусконаладка - если  ничего из имеющего в нормативах не подходит, совершенно законна калькуляция по трудозатратам.
8. Оформление отчета по пусконаладке - не бесплатно (берут в %% от стоимости ПНР)
9. Гостиница и прочие командировочные - совершенно законно по фактическим затратам.
... На каждую расценку из нормативов кроме накладных расходов, еще и сметная прибыль накручивается в %% от ФОТ.
... Кроме индекса на СМР (6,5, как в Вашем случае на СМР) существуют индексы по статьям затрат (разные на материалы, механизмы и ФОТ), что более реально отражает общую стоимость.
.....Можно смету считать не по ФЕР, а по ГЭСН. И если заказчик не бюджет, по при этом ресурсном расчете стоимость ресурсов учитывается фактическая.
Кроме ФЕР, существует общие методики по определению сметной стоимости (МДС), где все это прописано.