Как лучше считать стоимость работ

Расчет в ФЕР всегда равен или выше любых ТЕР, и никогда не может быть ниже.
Если у вас не бюджетные деньги, то вам расценки ни к чему - как договоритесь между собой заказчик-подрядчик.

Всегда можно воспользоваться базовыми расценками - это никому не запрещено. Для частного заказа можно применять любую договорную форму расчета.
Бюджетные - по нормативам.
Но ФЕР однозначно выше, чем ТЕР.

Где-то выше, где-то ниже. Но это исключительно о стоимости ресурсов.
Что касается зарплаты, то...чаще ФЕР ниже реальных и на много (но зарплата в ФЕР и ТЕР равны)))
Единственный способ подойти к более-менее приближенной к реальности зарплате - использовать индексы не Минрегиона (что для взаиморасчетов и не предназначено), а индексы ФЦЦС (в них раскладка по элементам затрат, т.е. не только единый к СМР, но и к Зп, Эм, Мат отдельные индексы)

Лично я не хочу проводить анализ цен на рынке в реальности))) Предпочитаю стабильность расценок ФЕР. Тем более, сейчас база достаточно прилично обновлена, много новых расценок (прямых), да и в части ресурсов появилась возможность почти всё заводить из базы.

А других подрядчиков нет?
Как правило, если есть деньги, есть выбор в подрядчиках. Если выбора нет, значит, вам по каким-то причинам навязали одного подрядчика и выбора у вас не будет. Этот подрядчик хочет поиметь деньги. Ваша задача не дать ему слишком много. Во-первых, проверить смету на соответствиее расценок, во-вторых на соответствие объёмов, в третьих проверить материалы по рыночной стоимости. Интернет вам в помощь. Расценку того или иного материала можно найти без проблем. Вы, как заказчик, всё должны правильно спросить. Подрядчик должен вам грамотно ответить. Ответ типа: "сама делай" или "сама купи по такой цене" ответом не считается. Вы - заказчик, вы изначально всегда правы! Подрядчик должен обосновать: каждую расценку, расписать подсчёт объёмов. Вы заказчик, вас не должно волновать, что у него нет поставщиков возле объекта, что у него не хотят работать люди на маленькие деньги, что у него ПМС или ушла жена. Это его личные проблемы. Он хочет ВАШИ деньги. Пока не обоснует, не давайте. Вы можете вредничать, ссылать на головную боль, на кризис в стране и прочее. Думайте, тяните время. Уверяю вас, по грамотной смете подрядчик может нанять ещё кучу подрядчиков и всем хватит денег.