Можно ли в одной смете применять разные базы

Можно. К примеру, вся смета в ТЕР СПБ ГЭ12, а какие-то расценки из ФЕР. На основании ОП к индексам ГЭ12 "Стоимость строительных
работ, расценки на которые отсутствуют в сборниках территориальной сметно-нормативной базы «ГОСЭТАЛОН 2012», может определяться на основании сборников Федеральных единичных расценок (ФЕР) с пересчетом в текущий уровень цен с применением прогнозных индексов изменения сметной стоимости строительства, рекомендуемых Министерством строительства и жилищно-коммунального хозяйства Российской Федерации."

Нельзя. Одна СНБ предназначена для расчетов при работе с привлечение средств бюджета СПб, а другая для расчетов с привлечением средств бюджета ЛО. Эти базы имеют жесткую региональную привязку.