Какую расценку применить "Изоляция стыков скорлупами из пенополиуретана"??

Стыков чего? Трубопровод?
Смотрите 26 сборник

Применена расценка ФЕР24-01-009- "Надземная прокладка трубопроводов в изоляции из пенополиуретана (ППУ", а отдельно изоляция стыков трубопровода применительно хотя-бы?

Смотрите состав работ расценки.
Состав работ:
1. Сварка труб в звенья.
2. Подъем на высоту труб и деталей.
3. Сварка трубопроводов.
4. Установка и приварка подвижных и неподвижных опор.
5. Изоляция стыков скорлупами из пенополиуретана, термоусаживающейся лентой или манжетой
6. Трехкратная промывка и гидравлическое испытание трубопроводов.
Все это учтено расценкой ФЕР24-01-009

А как ее можно взять отдельно, если она учтена в расценке по прокладке трубопровода?

А как это было определено? что больше?
Это заактировано и утверждено заказчиком?
Ну возьмите сварку по 9 сборнику.

Есть еще предложение по сварке. Иногда я пользуюсь сборником ФЕР (ТЕР) 04-02-006-1 и далее ,применительно,для стальных труб, ну а в этом случае,может, подойдет : ФЕР24-02-001 и далее - для дополнительных швов. Потом,какой длины трубы заложены в расценке и какая длина у приобретенных-это  тоже определяет количество стыков.

Когда нужно выяснить неизвестный объем,заложенный в расценке,( если нет пояснения в тех.части сборника) , можно использовать данные по другим материалам в составе расценки с нормативным расходом на ед. измерения и отсюда выяснить то, что нужно.
Если это-неизвестно,методом исключения ресурсов проставить свои материалы с обоснованием расчета. Так я думаю

Все верно. Когда необходимо,нужно "докопаться" до истины, следуя от этого принципа в сторону своих интересов, а еще хорошо технически изучить вопрос ( с практиками-строителями).