Как правильно разрешить эту ситуацию с генподрядчиком по зимнему удорожанию

Мы так и делаем.Только генподрядчик говорит,что организация Х уже забрала 58 опор чуть раньше, чем мы(т.е. успела раньше подписать КС-2.А мы вроде как опоздали.Как им объяснить, что они не правы?

Вопрос к Вашему руководителю, акт приёмки объекта составлялся? А как Вы могли опоздать??? Факт он и есть факт.....  

Вы что то не поняли. ЗУ должно начисляться на СМР в который входит и МР, даже если они давальческие.

Дмитрий, пожалуйста объясните причём здесь зимние удорожание.....? Я думаю что здесь просто ГП взял аванс.

Получается, что эта огранизация Х изготовила все 58 опор.Передала ГП 25, а ГП нам эти 25 опор.Поэтому они по смете и забрали стоимость всех 58.

Верно все поняли.

В смете учтена стоимость 58 опор и их монтаж.
Организация Х изготовила 58 опор и смонтировала 33 опоры. Соответственно у нее в акте монтаж 33 и стоимость 58 опор. ЗУ в акте посчитано от ИТОГО с ВЗиС, т.е. и от стоимости 58 опор. Здесь все правильно.
Организация У смонтировала 25 опор. Совершенно очевидно, что ЗУ должны быть посчитаны и от стоимости 25 опор, а потом стоимость давальческих материалов минусуется.
В данной ситуации нужно посмотреть как была оформлена первичка на изготовление опор у организации Х. Может быть имел место договор поставки, тогда организация Х не могла закрывать в КС-2 58 опор, а только монтаж 33. А 58 опор по ТОРГ-12, а дальше как давальческое сырье.
Но дважды закрывать ЗУ ГП врят ли будет. Пробуйте договориться если величина ЗУ от стоимости опор значительна.