Корректировка стоимости материалов в смете контракта

Да, никак. "Понять и простить" Вы же знали на что идёте. Дошли до "ошибки" в проекте, остановились до её исправления пока не решат те от кого это решение зависит. . Работы закончили, а через полгода пытаетесь что-то исправить. А как у вас договор составлен? Удивляет факт, что 5 лет никто не "клевал", а тут "попались". Проверить проект и сметную стоимость работ - обязанность подрядчика. Это даже прописано  в федеральном законе и на обоснованный отказ от заключения контракта установлен определённый срок, если память не изменяет, 5 дней. Момент  касательно строительного контроля заказчика. Первейшая обязанность строительного контроля (не важно чьего)  - проверка проекта на соответствие требованиям нормативных документов. Пример: получили задание  (как строительный контроль заказчика) на проверку проектной документации по строительству очень крупного нефтеперерабатывающего завода на юге. Так вот ни на один проект не выдали положительного заключения.