Ремонт помещения после замены кровли.

Александр ,виноваты и вы, как заказчик,и ваш подрядчик. Перед началом работ по разборке кровельного покрытия, можно  было предусмотреть устройство временной кровли ( из пленки на деревянном каркасе) или разбить ремонт кровли на участки перед раскрытием или другие мероприятия по сохранению помещений.
Может, в смете был учтен  резерв на непредвиденные затраты, в счет которого можно  произвести работы по ремонту помещений? А так придется актировать случившееся и оплачивать эти работы. Каким образом? Если вы виноваты и не хотите терять подрядчика, то ремонтные работы оформите, как дополнительные ( по доп.соглашению) подсчитайте по минимуму и отдайте подрядчику.
Можно,конечно, просчитать  необходимые ремонтные работы и выставить счет подрядчику. Но дожди могут повториться, поэтому вопрос о профилактике протечек нужно решать в первую очередь.