Заказчик требует подтвердить все ресурсы

Накладные на материалы, которые в смете берутся по цене поставщика?

Заказчик имеет право требовать, так как он в последующем несет ответственность за принятые работы и качество. Соответственно отчитываться перед инспектирующей организацией будет он, и за потраченные деньги тоже он.
Вам надо набраться терпения и предоставить все необходимые накладные для отчетности по применяемым материалам согласно  

Вы как исполнитель работ обязаны представить заказчику (по его требованию) накладные или документы по затратам. Это не обязательно прописывать в договоре.
это должно быть в заключении экспертизы ( если она проводилась)
заказчик несёт ответственность после приемки работ, а строительная организация до приемки. И где потом брать документы Заказчику о используемых материалах когда приедет счетная палата или ревизионная инспекция?
Понимаете, тут такой момент, когда доказывать что то и ссылаться на техническую и правовую документацию не стоит.  

 Если в договоре между Генподрядчиком и Заказчиком не написано обратного, то Генподрядчик не обязан предоставлять Заказчику счета-фактуры между Генподрядчиком и его контрагентом своему Заказчику!!!

Основание:
- в соответствии со ст.4. п.1. ФЗ №98 “Право на отнесение информации к информации, составляющей коммерческую тайну, и на определение перечня и состава такой информации принадлежит обладателю такой информации с учетом положений настоящего Федерального закона.”;
- в соответствии со ст.3. п.1. ФЗ №98 “коммерческая тайна - конфиденциальность информации, позволяющая ее обладателю при существующих или возможных обстоятельствах увеличить доходы, избежать неоправданных расходов, сохранить положение на рынке товаров, работ, услуг или получить иную коммерческую выгоду;”;
- в ст.5 п.1-10 ФЗ №98 перечислены “Сведения, которые не могут составлять коммерческую тайну.”;
- в соответствии со ст.6. п.1. ФЗ №98 “ Обладатель информации, составляющей коммерческую тайну, по мотивированному требованию органа государственной власти, иного государственного органа, органа местного самоуправления предоставляет им на безвозмездной основе информацию, составляющую коммерческую тайну. Мотивированное требование должно быть подписано уполномоченным должностным лицом, содержать указание цели и правового основания затребования информации, составляющей коммерческую тайну, и срок предоставления этой информации, если иное не установлено федеральными законами.;”;
- в соответствии со ст.9 ФЗ№98 - “Государственным или муниципальным контрактом на выполнение научно-исследовательских, опытно-конструкторских, технологических или иных работ для государственных или муниципальных нужд должен быть определен объем сведений, признаваемых конфиденциальными, а также должны быть урегулированы вопросы, касающиеся установления в отношении полученной информации режима коммерческой тайны.;”;



На вопрос "Что такое счет-фактура?" можно ответить :

- в соответствии со ст.169 Налогового кодекса Российской Федерации “счет — фактура является документом, служащим основанием для принятия предъявленных сумм налога на добавленную стоимость к вычету или возмещению.”;

И прокомментировать, что счет-фактура - не является документом, подтверждающим приемку работ !!!
А в соответствии с ст.702 Гражданского кодекса РФ:
“По договору подряда одна сторона (подрядчик) обязуется выполнить по заданию другой стороны (заказчика) определенную работу и сдать ее результат заказчику, а заказчик обязуется принять результат работы и оплатить его.”
Т.е. счет-фактура между Ген.подрядчиком и его контрагентом НИКАК не связана с приемкой работ, выполненных Ген.подрядчиком для Заказчика !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
Т.е. если в договоре между Заказчиком и Ген.подрядчиком не написано, что Генподрядчик передает Заказчику счета-фактуры между Ген.подрядчиком и его контрагентом, то Заказчик не имеет права требовать от Ген.подрядчика эти счета и, уж тем более, не платить за выполненные Ген.подрядчиком работы он тоже права не имеет !!!

И ни какое упомянание в договоре между Заказчиком и Ген. подрядчиком о базисно-индексном методе НЕ ОБЯЗЫВАЕТ (!!!) Ген.подрядчика передавать Заказчику счета фактуры между ним и его контрагентами !!!
Алеллуя !

В соответствие с МДС-35 МЕТОДИКА минимально необходимых
Так что в расценке все и так минимизировано и усреднено.  Разработано и утверждено. Что тут еще доказывать?

Если материалы в смете по прайс-листам -  тогда  предоставляется первичка как подтверждение. А если по нормативам.... - они утверждены государством.