Ситуация. Помогите разобраться.

Заказчик - бюджет. Мы - подрядчик.
Цена контракта твердая (44 ФЗ).
Объект еще не сдан заказчику.
В нашем договоре говорится, что КС-2 не является приемкой работ и может подписываться для финансирования работ. Чтобы с финансами не было проблем - объемы в актах закрывались немножко наперед. Подписали несколько КС-2 (вода, отопление, отделочные), сделали КС-3. Деньги дали.
Когда работы были выполнены  появилась необходимость корректировки документов, т. к. выяснилось, что объемы не совпадают со сметными и допустили ошибку в налогообложении при составлении при подсчете НР и СП.
Были составлены откорректированные КС-2 по факту с суммами идентичными первоначальным.
Вопрос: как правильно привязать откорректированные к ранее составленным?

Минусовые акты по отдельности теперь не составить потому что придется делать минусовую КС-3, что заказчик не допустит никогда.
Можно ли в корректированном КС-2 одной строкой вычитать сумму предыдущего? Сумма акта будет нулевой.  Насколько это будет правильно?

Подскажите пожалуйста, как можно выйти из ситуации? Может быть кто-то сталкивался с таким. Самое главное на что основываться и чем руководствоваться чтобы не подставить ни себя ни заказчика? Ведь, насколько я знаю, закон не запрещает корректировать исполнительную при незавершенном строительстве, но вот как это правильно сделать в данной ситуации...