Смета аукциона и контракта разниться применёнными индексами

Доброго времени суток!
Был размещён аукцион на капитальный ремонт кровли. Смета, которая прикреплена к аукционной документации, была рассчитана базисно-индексным методом с применением единого индекса к СМР.
После проведения торгов Подрядчик прислал Заказчику переделанную смету с тендерным коэффициентом и применил индексы по статьям затрат. Заказчик приложил новую смету (индексы по статьям затрат) к контракту. При приёмке выполненных работ в актах формы КС-2 применены индексы по статьям затрат. Проверяющий говорит, что это нарушение: "Если смета в аукционе индекс применён единый к СМР, то и в смете контракта и в актах формы КС-2 должен быть единый индекс к СМР".
Подскажите прав ли проверяющий и что нарушил Заказчик.