КС-3 с понижающим коэффициентом

Здравствуйте, уважаемые форумчане!
Помогите разъяснить следующую ситуацию:
Подрядчик выиграл аукцион, Заказчик - УКС (бюджетная организация). Был подписан контракт на сумму - 1 800 000 рублей, Подрядчик выполнил свои работы, нужно готовить акт КС-2, КС-3, аукцион по смете с НДС, Подрядчик работает по УСН, соответственно готовится акт КС-2, с расчетом затрат на уплату НДС (компенсация) по письму №3ц от 10.01.2007г., но Заказчик настаивает на применении понижающего коэффициента к сумме контракта, который рассчитывается так, сумма контракта делится на сумму первоначальной сметы! Я не знаю, кто прав? Где найти доказательство, того кто прав?