Кардинальная корректировка рд после утверждения сметы к договору

Коллеги, добрый день!
Нужен ваш экспертный совет.
На основании РД была сделана смета к договору. В процессе строительства выяснилось, что грунт не только суглинок (3 гр), как отражено в РД, но и  дресвяно-щебенистого с глыбовыми включениями (4 гр.). Изменения группы грунта должно повлечь и изменение расценки на бурение и устройство буронабивных свай, а также на устройство котлована. Кроме того, в первоначальном варианте сметы планировался один диаметр арматуры, в последующих ИЗМах уже другой. А также в первоначальном проекте были только БНС-1, затем появились БНС-2,3,4. Строили, опережая проект. В процессе строительства подрядчик принимал решения "со слов" авторского надзора и планировалось одно армирование БНС-2, что и сделал подрядчик, но в проекте после оказалось совершенно другой диаметр и фактически было выполнено часть БНСок с одним армированием, а часть с другим.  Вопрос: как закрыть подрядчику работы, если в первоначальной смете другая группа грунта, нет БНС-2,3,4, а армирование тех же БНС-2 разное, ввиду вышеописанной причины, а смета  к договору вообще без них  И как поступить мне, как Заказчику? Если делать корректировку сметы по последнему ИЗМу, то я никак не смогу учесть армирование тех первых БНС-2, ведь в проекте другое армирование.