Правомочен ли Заказчик???

Все зависит от договора,который был составлен между Заказчиком и Подрядчиком.
Руководствуйтесь  также  Федеральным законом от 21.07.2005 № 94-ФЗ «О размещении заказов на поставку товаров, выполнение работ, оказание услуг для государственных и муниципальных нужд» регламентируют действия Заказчика.
Согласно п. 4.1 статьи 9 Федерального закона цена государственного или муниципального контракта является твердой и не может изменяться в ходе его исполнения, за исключением случаев заключения контракта на основании пункта 2.1 части 2 статьи 55, а также случаев, установленных частями 4.2, 6, 6.2 - 6.4 статьи 9 указанного Федерального закона.В соответствии с пунктом 1 статьи 6 Федерального закона определение начальной (максимальной) цены государственного или муниципального контракта осуществляет Заказчик
Взаиморасчеты за выполненные работы (затраты) рекомендуется осуществлять в порядке, предусмотренным государственным контрактом, в пределах твердой договорной цены.(Это,что касается счетов-фактур). Если,кстати в договоре не прописано их предъявления, можно не менять стоимость, потому что прежде чем проставить цену прайс Заказчик должен был провести мониторинг цен. И экономия подрядчика,если она  не повлияла на качество работ остается ему.
Но это придется  доказывать и может даже в суде. Поэтому решайте сами. Может лучше пойти навстречу Заказчику. Ведь "Начальник всегда прав"

Уже была тема, пользуйтесь поиском

4.62. При поступлении оборудования от посреднических организаций учитывается снабженческо-сбытовая наценка, устанавливаемая в процентах от отпускной цены предприятия-изготовителя оборудования в размере до 5%. В указанную наценку, как правило, входят транспортные расходы по доставке оборудования на склад потребителя, посреднические услуги и другие расходы.
Здесь говорится только о порядке начисления "Стоимость транспортных расходов и услуг посреднических и сбытовых организаций"

Все зависит от Заказчика, например одни требуют у меня в КС-2 НДС, другие строжайше только в КС-3...

Требование заказчика вносить в КС-2 номера бухгалтерских справок и счетов-фактур не обосновано НИКАКИМИ документами - это нужно только самому заказчику для бухгалтерских отчётов - какие закупки были произведены и на что именно (и где их искать) - а тут аккуратный отчёт по работе))). Подрядчик может написать в графе "Обоснование расценки" что сам считает нужным, так как по законодательству  купленный товар можно перепродать с накруткой аж до 100% и обозвать его не прайсами, а "Цена поставщика", стоимость которой и согласовывается с заказчиком ДО составления сметного расчёта и подписания договора. НО, чтобы не осложнять отношения с заказчиком и быстрого, без тягомотины, подтверждения работ по КС-2, подрядчик старается сдавать свои акты с такими "пометками" с номерами счетов-фактур и датами.