Заказчик требует применять индексы по статьям затрат

При твердой договорной цене - Прав подрядчик! Вы можете в КС №2  не писать ни номер расценки, ни стоимость единицы - ставьте, что хотите - это по закону (не говоря уже о каких-то индексах     ), главное закрывайтесь в рамках твёрдой цены контракта и отражайте в актах ФАКТИЧЕСКИЕ РАБОТЫ. Пусть спасибо скажут, что Вы работы закрываете согласно расценкам. А так, подрядчик вправе сэкономить, если сделал работы качественно без претензий со стороны заказчика (по-моему по закону не более 10%), а потом пусть Заказчик составляет сметы на основании ваших актов и доказывает по суду, что вы сэкономили более 10%   . Почитайте внимательно Гражданский кодекс - про твердую цену контракта, а также письмо Росстата № 01-02-9/381 от 31.05.2005.