Списание материала, а замена согласно п.3.8. приказа 519 недопустима

Поэтому и не поручали. Есть правила бухгалтерского учёта, методические указания, утверждённые органами исполнительной власти. Это обязанность бухгалтерии и руководителя строительного участка. Относительно программных средств для ЭВМ по учету материальных запасов есть соответствующие программы, например 1С. Относительно должностных обязанностей есть квалификационный справочник для ИТР. Если  в должностной инструкции прописано "и швец, и жнец, и на дуде игрец" - это незаконно и может быть оспорено (например соответствующими проверяющими органами). Если работник соглашается на условия 3 в 1, это его проблема.