Правомерно ли Заказчик применил понижающий коэффициент

Мария, по поводу 0,648:
 

МУ по применению СБЦП (Минстрой пр.620 от 29.12.09 г.)

2.1.3. Если проектируемый объект имеет значение основного показателя меньше минимального или больше максимального показателей, приведенных в таблицах цен Справочников, цена разработки проектной и рабочей документации определяется путем экстраполяции в соответствии с формулой, приведенной в приложениях № 1 и № 2 к настоящим Методическим указаниям. Указанное положение распространяется и на позиции, когда в таблице цен перед минимальным и после максимального показателя стоят соответственно слова «до» и «свыше». В случаях, когда принятый показатель меньше половины минимального или больше удвоенного максимального показателя, приведенных в таблице, базовая цена проектных работ определяется в порядке, установленном пунктом 2.1.4 настоящих Методических указаний.

2.1.4. Цена разработки проектной и рабочей документации на строительство объектов, для которых цены в Справочниках не приведены и не могут быть приняты по аналогии, определяются расчетом стоимости в соответствии с калькуляцией затрат (форма 3П).

Разъяснения ЦИП 2013г.  к СБЦ, гл.5, вопрос 3

…….В то же время во избежание необходимости осуществления в соответствии с пунктом 2.1.4. раздела II Методических указаний расчетов цен проектирования на основании калькуляции затрат, при оценке проектирования аналогичных объектов для определения цены проектирования объекта с показателем меньше табличного более, чем в 2 раза, по ценовым показателям Справочников в качестве аналога можно использовать соответствующие значения ценовых показателей СБЦ для объекта, меньше табличного показателя в 2 раза. При этом в расчет вводится понижающий коэффициент, учитывающий разницу в трудоемкости проектирования рассматриваемого объекта и объекта с показателем в 2 раза меньше табличного, в размере 0,7 – 0,9….

Некоторые заказчики (на основании ведомственных регламентов) коэффициент 0,7-0,9 вводят на основании расчета, этот расчет у Вас смете приведен: (162/(0.5*500)) Кпониж=0,648.

Мария,должны брать из таблицы относительной стоимости к СБЦП "Объекты нефтеперерабатывающей и нефтехимической промышленности (2015)"

1% можно применить, раз Заказчик Вам его пропускает
В 5,1% учтена разработка РП на раздел Инженерное оборудование. Технологические решения: Отопление, вентиляция, тепловые сети
откройте сборник на СБЦ

Мария,индекс перевода в текущие цены на настоящий момент = 3,99 (по письму Минстроя), а в вашей смете принят всего 2,2.

Мария, как Вы можете увеличить смету, если у вас даже договорной индекс утвержден? Или утвержден только коэффициент, а сумма - нет?.
Смотрите задание на проектирование и ОУ к СБЦП Объекты нефтеперерабатывающей и нефтехимической промышленности (2015). Трудно советовать, не видя задания. В вашем СБЦП  не учтена разработка ПОС (6%), ОВОС (4%), есть надбавка за Проектирование зданий с кондиционированием воздуха (к стоимости подраздела «Отопление, вентиляция» раздела «Инженерное оборудование, сети, инженерно-технические мероприятия, технологические решения») (К до 1,3).
Может что-то по МУ по применению СБЦП Вам подойдет типа реконструкции.
Дополнительно можно учесть сбор исходных данных и согласование проекта (если эти обязанности заказчик на Вас возложил) и т.д....