Расчет на затраты водопотребления и электроэнергии отдельно от ЛСР

Елена,

Правильно Вы считали. Не поняла Вашего начальника. Он собирается проверять эффективное расходование энергоресурсов подрядчиком или обязать подрядчика платить за фактически потребленные энергоресурсы?
Обязать подрядчика платить по фактическому потреблению можно  по договору с  условием установки им своего учета (электросчетчиков). Ваша роль в этой затее, как сметчика, абсолютно не просматривается.
Если хотите считать по формуле расчета, исходя из затрат, учтенных в сметах, то расход   электроэнергии можно посчитать по нормативу показателей расхода электроэнергии на 1 млн.рублей сметной стоимости СМР (их публикуют региональные ЦЦС):  
Потребление эл.энергии (кВт-час)  = Цена СМР в базе 2001 г. в млн. руб.*НОРМАТИВ.
Далее:
Стоимость эл.энергии в базовых ценах = Потребление эл.энергии (кВт-час)* Стоимость эл.энергии в базовых ценах (см. ФССЦ или ТССЦ раздел 4.11).  Затем перевод в текущие цены по действующим индексам. Эта стоимость  заложена в сметах на оплату электроэнергии.
По воде принцип расчета аналогичен. Нормативный расход воды на 1 млн.руб. СМР можно посмотреть в Расчетных нормативах для составления ПОС часть 1 http://www.infosait.ru/norma_doc/54/54463/index.htm#i31773