Командировочные расходы негосударственного Подрядчика

Добрый вечер! Разъясните пожалуйста! Казначейство проводило проверку, в ходе которой выяснилось что общество с ограниченной ответственностью осуществляло разработку локальных сметных расчетов на стадии подготовки государственного контракта в соответствии со статьёй 168 трудового кодекса РФ и ПостановлениеМ Правительства РФ от 13 октября 2008 г. N 749 "Об особенностях направления работников в служебные командировки", при этом финанасирование осуществлялось из средств федерального бюджета. Контракт был исполнен в полном объёме, акты выполненных работ были подписаны, оплата по контракту осуществлена. Но при этом было установлено что в актах выполненных работ были завышены командировочные расходы, то есть не соответствовали требованиям Постановления  Правительства РФ от 2 октября 2002 г. N 729 "О размерах возмещения расходов, связанных со служебными командировками на территории Российской Федерации, работникам, заключившим трудовой договор о работе в федеральных государственных органах, работникам государственных внебюджетных фондов Российской Федерации, федеральных государственных учреждений" казначейство требует через суд взыскивать ущерб у подрядчика.