У Заказчика смета была составлена с НДС, мы на УСН

Ну так и поднимайте стоимость материалов, тем более что Заказчик дал вам на это добро.

Да ни в коем случае!!!
Это жутчайшее нарушение! Ни на какие выдуманные ПОВЫШАЮЩИЕ коэффициенты вы не имеете права.
Если у вас частные деньги, то делайте с ними , что угодно.
Но коль торги, то значит бюджет. А тут уж оставайтесь в рамках закона
Разрешил заказчик поднять стоимость материалов - поднимайте

Дело в том, что цена выигранных аукционов (а также тендеров или просто ещё чего) является твёрдой. Если вы без НДС, значит, НДС убираете. И делаете коэффициент к индексу до твёрдой цены (даже, если он повышающий!). Ищите пояснения в интернете к 94 закону. Тут долго писать, но вкратце - подрядчик без НДС имеет преимущество перед подрядчиком с НДС в размере 18% изначально, это называется "в помощь развития малого бизнеса". Конец 2011 года пестрел судебными тяжбами по этому поводу, в результате... чушь, но увы (!) это правда. Если торг 118 тыс. с НДС, а вы выиграли 115 тыс. без НДС, то вы повышаете смету коэффициентом до 115.. А если, подрядчик с НДС - 115 в том числе НДС. Менять расценки в смете ни одну строчку нельзя.

Наталья, а можно как-то конкретнее о допустимости повышающих коэффициентов?
А не просто фраза "Ищите пояснения в интернете к 94 закону".... если уж у вас есть точная информация
Мне это важно знать. Я заказчик и не хочу нарушать закон "урезая" подрядчика.

на всякий коэффициент есть основание. Если основания нет - он фиктивный, следовательно, смета умышленно увеличина по сравнению с реальной стоимостью строительства.

"МИНИСТЕРСТВО ЭКОНОМИЧЕСКОГО РАЗВИТИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
ПИСЬМО от 6 апреля 2010 г. N Д22-353

Департамент развития конкуренции рассмотрел обращение о разъяснении положений Федерального закона от 21.07.2005 N 94-ФЗ "О размещении заказов на поставки товаров, выполнение работ, оказание услуг для государственных и муниципальных нужд" (далее - Закон) и сообщает свое мнение.
В соответствии с положениями Закона при проведении аукциона устанавливается в документации об аукционе начальная (максимальная) цена контракта. При установлении начальной (максимальной) цены заказчик должен учитывать все факторы, влияющие на цену: условия и сроки поставки, риски, связанные с возможностью повышения цены, и иные платежи, связанные с оплатой поставляемых товаров (работ, услуг). При этом начальная (максимальная) цена контракта может определяться на основании стоимости работ, указанных в утвержденной проектно-сметной документации.
Помимо начальной (максимальной) цены контракта, заказчик устанавливает требование к формированию цены контракта, а именно указывает, что в составе заявки участник размещения заказа должен установить цену с учетом или без учета налогов и других обязательных платежей.
В соответствии с ч. 3 ст. 38 Закона государственный или муниципальный контракт по результатам аукциона заключается на условиях, указанных в извещении о проведении открытого аукциона и документации об аукционе, по цене, предложенной победителем аукциона.
Корректировка заказчиком цены контракта, предложенной юридическим лицом, применяющим упрощенную систему налогообложения, при проведении аукциона, а также при заключении государственного или муниципального контракта с таким участником размещения заказа не допускается.
Таким образом, с учетом положений Закона контракт заключается и оплачивается заказчиком по цене победителя аукциона вне зависимости от применения системы налогообложения у победителя."
У меня ещё есть разъяснения с примерами, постараюсь сегодня найти. Долго бодалась на эту тему с юристами и бухгалтерией, пока меня не убедили, что "коэффициент по результатам торгов может быть повышающим".

Нашла. Читайте. Там в конце расчёт, коэффициент 1,1 у выигравшего.
Ещё раз повторюсь, смету нельзя менять ни в коем случае! Цена выигранная остаётся неизменной. Ценовое преимущество, полученное неплательщиком НДС, является "поддержкой предпринимательства. Проконсультируйтесь с юристами. Сама утверждала обратное ещё пару месяцев назад. Всех подрядчиков в прошлом году заставляли подписывать допсоглашение на сумму уменьшения НДС. Но оказывается в юридической практике было много случаев, когда подрядчики "без НДС" отказывались подписывать и выигрывали суд. По распоряжению правительства это "безобразие" является "поддержкой предпринимательства и малого бизнеса", так что молча ставим по результатам торгов повышающий коэффициент.

И еще, из этого Питерского письма важная фраза в конце

Вышеуказанный порядок  расчетов  с победителем, не являющимся плательщиком  НДС (в том числе находящимся на упрощенной системе налогообложения), рекомендуется предусматривать  в проекте контракта на выполнение работ (оказание услуг) если расчет (начальной) максимальной цены контракта (смета заказчика) является неотъемлемым приложением
к контракту.

Смета Заказчика, которая готовилась для расчета НМЦ, совсем НЕ обязательно должна быть приложена к контракту.
Еще раз повторюсь - главным является ведомость объемов работ, перечень потребных ресурсов и стоимость по итогам торгов.
Смета же может по набору расценок отличаться от исходной

Извините я не сметчик, что такое ЗСР и комплектация?