Подрядчик перешел с УСН на НДС в ходе выполнения работ.

На основании чего они это утверждают? КС-2 это первичный документ. Его оформляют подрядчик строго согласно налоговому законодательству. Или они предлагают на облагать НДС и нарушать закон для красоты?
Вы обязаны заключить доп соглашение и внести все изменения в договр

А что писать в доп соглашении? У нас по договору цена контракта включает в себя все налоги и сборы

тут вопрос не в попытке заткнуть дырку, а ожидание руководства. Я как-то принесла на подпись гл буху (только устроилась) доки на подпись. И она начала к ним придираться. (предыстория: приказа от делопроизводителя не было, что я теперь должна как специалист быть "учтена" в деятельности предприятия). Знаете, что от нее услышала: "Вы же, как профессионал должны были знать такие вещи".
Стоишь в этот момент и думаешь: разве? И таких историй в моей скромной практике уйма. По большей части много неграмотности в плане должностных обязанностей и переобуваются на ходу( Руководство думает "смета=сметчик" и любую историю с этим словом отписывают на сметчика.  

В том то все и дело, что юристы отмахнулись, сказали, что никакого доп соглашения не требуется, ибо в НМЦК уже был НДС, и им все равно на какой системе подрядчик, а потом по ж**пе получу я, когда закрою с ндс следующее выполнение, никак это не обосновав всем на свете. Я так понимаю, что на остаток мне нужна новая смета с НДС и по ней уже сделать выполнение?

Ирина, Исходя из изложенного, наличие подписанного сторонами акта выполненных работ (оказанных услуг) с приложением уведомления исполнителем о применяемой системе налогообложения является достаточным основанием в рассматриваемой ситуации при соблюдении норм ст. 252 НК РФ для учёта в расходах налогового учета соответствующих затрат заказчиком.

Это в конце той ссылки, что я прислала)

Так вам, может быть, перепроверить документы. Какая цена в НМЦК и как они отчитываются за выполнение без НДС?