Замененные материалы - где есть обоснование

 Согласовывали замену материала ДО производства работ?

Расценки вообще менять нельзя, об этом в Методике четко и ясно сказано.
Можно за расценкой вычесть какие-то материалы, если они например давальческие, но вот менять на более дорогие - нельзя.
По КП можно брать материалы, которые не учтены в расценке или которые берутся по проектным данным, но и там есть нюансы.

Погодите. Есть материалы, которые сидят "внутри" расценки, их трогать нельзя.
Есть материалы с литерой "Н" или "П" - их можно брать по ТКП.
Есть материалы которые нужно самостоятельно включать в смету (но это больше касается всякой электротехнической части, потому что вариаций очень много).
Если вы меняли материалы "внутри" расценок, заказчик прав. Если заказчик удалил материалы которые были с литерой Н или П, то он неправ однозначно.
Если Заказчик заменил материалы на материалы из ФССЦ/ФСБЦ - то тут уже дискуссионный вопрос в зависимости от источника финансирования.

То есть сам проект согласовал? Смета была согласована сторонами договора до начала выполнения работ? Вы всё работы выполнили согласно утверждённой сметы? Тогда подавайте на него в суд... Если в процессе делали всё правильно (акты на освидетельствования скрытых работ, ведение общего журнала производства работ и прочая) вы его выиграете. Явный неадекват ваш контрагент и т.д.  

да проект был согласован, заключен договор

Так и есть
Именно это Заказчик и не пропустил. Вы как читали предыдущие сообщения то?