Скорее всего это связано с округлением при расчетах в программе. А итог по разделам у вас идет с копейками или округляется до рублей? Попробуйте задать большую точность ( например, до 4-х знаков), хотя все равно может быть расхождение суммах. Тут уже только вручную подгонять ))