По окончании работ нам Заказчик выставили счет за электроэнергию

Подрядчик платит за электроэнергию заказчику по показаниям счетчика по действующему на данный момент тарифу.

Ирина, сами виноваты, простите. Надо в договоре всегда прописывать такие нюансы. Так могут любую сумму теперь выставить, вплоть до замены силового трансформатора, что сгорел из-за ваших насосов (как пример).

спасибо большое

А при чем тут количество, если вопрос упирается в стоимость за 1 кВт?

но заказчик говорит, что в смете может сидит достаточно денег на электроэнергию, т.к. она и в расценках заложена, и в накладных расходах, и в индексе пересчета в текущие цены

Вы немного неправильно поставили вопрос. Для чего работают насосы? Кукую функцию они выполняли?  Их подключение было связано с необходимостью дальнейшего выполнения вами работ и можно ли было  обойтись без них, Учтены ли сметами (основными ли, дополнительными ли) работа этих насосов. Вот с чего надо начинать, если хотите чтобы вам подсказали. Ключевое слово в вашем споре  "по окончании работ нам Заказчик выставили счет за электроэнергию".
Посмотрите внимательно ст. 743, 744, 746, 747, 750 ГК РФ.  Особенно последние три. Подобные споры между сторонами обычно заканчиваются в арбитражном суде. А суд в первую очередь будет руководствоваться  законом, потом договором. Положения договора противоречащие закону недействительны. Разговоры  по поводу типа "это невозможно посчитать",  "мы вот писали им письмо", "такой-то ,допустим, Иван Иванович нам дал устное указание" или было "решение оперативного штаба" суд послушает, а примет решение всё равно в соответствии с законом. А вот в такой ситуации я бы ничего не платил им за их электроэнергию, а оплату по смете с них бы содрал, да еще и с процентами, если вовремя не заплатят. Но, к сожалению, на подобное уходит много времени.