Ндс 18%-20% что делать??

а мы по таким ситуациям заключали доп.соглашение по уже закрытым объёмам, подписывали к этому соглашению две сметы - одну на закрытый объём с НДС 18%, а вторую смету - на незакрытый объём с НДС 20%. Сумма договора оставалась неизменной.

Три раза перечитал топикстартера и Maria, но видимо я чего-то не догоняю.
Итак, что имеем по смыслу вопроса: до повышения ставки НДС закрыты некие объемы и теперь вы по какой-то причине решили их переоформить?
Если мое предположение неверно и вы в 2019 году в КС2 указывали ставку НДС 18%, то это косяк. Все товары, работы, услуги, поставленные после 1 января 2019 имеют ставку НДС 20%. Есть некоторые маленькие нюансы по авансам и разбивке фактических поставок на два года, но к вам вряд ли относится.
Если же мое предположение верно, то я не понимаю, на каком основании вы собираетесь править итоги 2018 года???

обрисую ситуацию более подробно.
Сметы делались проектной организацией заказчика 2017 году, к концу 2018 года заказчик не был удовлетворен сметами так как по технологии был косяк и изменил полностью проектно-сметную документацию, между 2017-2018 закрытые акты стали не актуальны ( а именно многие расценки были изменены), с 2019 года когда только начали со всем этим разбираться, начали корректировать прошлые акты (корректировка обязательно должна была указываться в актах на 2019 год). В 2019 году все как надо был НДС 20%, но в актах в разделе корректировки по идее должен указываться НДС 18% так как были закрыты до конца 2018 года , разница в файлах во вложении видна, там сумма маленькая но в общем акты которые нужно менять стоимостью около 10 млн.  

так же хотят что бы материал который мы закупили с большим объемом вычитывали и указали другие счет фактуры с правильным количеством материала, а для новых счет фактур снова нужно покупать продукцию. вообще полная не разбериха

я так и предложил, но сметчица начала ругаться ))  

Добрый день!
Мне кажется Вам необходимо формировать корректировочные акты КС2,3, и в них указать как было до и как стало. Пример прилагаю.

Ну вот я это и предлагал еще во втором сообщении. Только не стоит в КС3 залазить, я бы все в КС2 показал за итогом.
К примеру:
1) всего по КС2 (это новая КС) = 1000р
2) НДС = 200р
3) Всего по КС2 с НДС = 1200р
4) Зачет КС2№ такой-то от такого то числа рублей с НДС:  -700
5) ИТОГО с НДС = 500р
6) ИТОГО без НДС = 416,67
7) НДС = 83,33

Можно п. 5 и п.7 поменять местами. Все. Показали что было, что стало, чем душа успокоилась и НДС не забыли показать со всех ракурсов.