Правомерно ли вычитать из оплаченных КС работы?

Ну вот чисто логически - как приняли и оплатили работы, которые не были выполнены по факту (по объему, по виду работ, по материалам)? Это несколько странно, получается, закрывали наперед зачем-то, с закрытыми глазами.
Если производить какие-то махинации теперь, то как вариант сделать корректирующую КС-2, где невыполненные работы взять с минусом, а выполненные в итоге - с  плюсом. И очень желательно, чтобы итоговая сумма получилась с плюсом, потому что вряд ли бухгалтерия обрадуется документу с отрицательной суммой.