В расценке уже учтены материалы и к этим же работам берутся материалы по прайсам

Добрый день! Подскажите как поступить. Сметы к договору утверждена без проверки сметчика, т.е. подрядчик взял проектную смету перевел в текущие цены и приложил к проекту особо не вдаваясь в подробности. Сейчас при подготовки актов выполненных работ выясняется, что есть такие позиции, когда в расценке уже учтены материалы и к этим же работам берутся материалы по прайсам, т.е материал учтен дважды. Я как заказчик этого  пропустить не могу, но и менять утвержденную смету тоже не хорошо. Я предлагаю Подрядчику предлагаю удалять материалы из расценок,, но он настаивает на том что будет не дозакрытие по смете, да и стоимость в расценке в акте и в смете будет разная. Подскажите как это оформить правильно. Сразу скажу, что к бюджету это не какого отношения не имеет.