КС-2 расходится со сметой

Алёна, а Вам, как бухгалтеру, нужен отдельно НДС? Ну переделайте концовку у КС-2:  выделите обратным ходом НДС из общей стоимости материалов, сложите стоимость материалов без НДС со стоимостью СМР без НДС - это будет ИТОГО (материалы+работы) без НДС, затем накрутите НДС-18%, потом ВСЕГО с НДС. А накладные здесь не должны меняться.
Надо бы Вам  смету сюда выложить.

Наберите  в смету отдельно материалы "красным" и в Доп.информации : в "Вид работ" введите из справочника "Материалы"; в "Индексы" вводите код расценки, для которой этот материал предназначался. И так по каждому материалу. В "Параметрах"  -  НР и СП обнуляете, НДС - не применяете. Получится смета в виде ценника без НДС. Вторая будет состоять из работ. И выводите в формы КС-2.

Так, у вас смета по договорным ценам. КС-2 может быть как с НДС, так и без него, но в этом случае обязательно д.б. КС-3 (по которому платится подрядчику), где указывается строка с КС-2 без НДС, затем НДС и ВСЕГО с НДС. Если вы делаете только КС--2 , то просто разделите каждую строку на НДС, получится итог, затем делаете строку общую НДС и строку ВСЕГО.