Какие работы включать в КС2 и КС-3 при поэтапной сдаче работ

Света, а если заказчик пропустит?

Так делать нельзя, КС-2 это документ о приемке выполненных строительно-монтажны работ, у вас работ по прокладке трубы нет, поэтому и материалы брать нельзя.
А если предположить что заказчик оплатит вам стоимость трубы, а с ней что-нибудь случится, то вся ответственность уже будет на нем, хотя труба фактически у вас. Так не делают.

Я понимаю, что надо именно после прокладки труб включать ее в КС, но если заказчик сам идет на это. Нельзя ли после огрунтовки, как одного из этапа работы списать трубу. Ведь фактически она у нас не на складе.

А какие риски могут быть. Со стороны проверяющих?

Луиза,риски могут быть со стороны налоговой, т.к.по  ст. 254 НК РФ в состав расходов по налогу на прибыль организаций включаются материальные расходы.Поэтому в учетной политике Подрядчика для целей бухгалтерского учета необходимо прописать порядок признания расходов на производство. Причем  малые предприятия, которые ведут упрощенный бухучет, могут списать материалы в расходы в момент покупки (п. 13.2 ПБУ 5/01, Информационное сообщение Минфина от 24.06.2016 № ИС-учет-3).
Вопрос Ваш более бухгалтерский, чем сметный (тем более, в ситуации, когда Заказчик согласен подписать КСки на стоимость трубы плюс работы по ее огрунтовке).

Если с трубой что то случится для это го есть страхование строительных рисков.
И что они тогда грунтовали если у них трубы нет...

Ирина, это приписками раньше называлось = уголовное дело с материальной заинтересованность.

Ирина,если у подрядчика соблюдены необходимые условия (см #11), ничего ему обходить не придется.