Как учесть НДС при УСН в объектом сметном расчете для прохождения Госэкспертизы?

Никак. Гос.экспертиза даёт заключение по сметной стоимости только с учётом НДС
Вы можете обратиться в гос.экспертизу за разъяснениями или передать документацию на проверку в том виде, какой у Вас есть (т.е. с некой компенсацией по НДС) и уже по замечаниям эксперта обосновывать своё решение и ссылаться на свой контракт или письма Заказчика
Тут немного не понятно - у Вас контракт на составление сметной документации с прохождением гос.экспертизы или контракт на выполнение ремонтных работ с составлением сметной документации и прохождением гос.экспертизы?

Если Вы только составляете смету на ремонтные работы с прохождением гос.экпертизы, то смета обязана быть составлена с НДС. Подрядчик определится позже и не факт, что он будет упрощенец

стать НДС-ной организацией...читаю тему УСН на других сметных форумах и сайтах, сделала вывод - наверное проще не мучаться и как в рекламе было "заплати налоги и спи спокойно" )