Я всегда в КС2 добавляю строку в которой пишу Итого по акту согласно протокола подведения итогов номер..... от дата, НДС не предусмотрен УСН. Строку НДС не трогаю. Или итого с учетом индекса инфляции если он был применен. Заказчики в подписываемом варианте сметы так же пишут. Либо слово НДС заменяют на сумма взамен НДС или компенсация НДС. И в итоге подписывают НДС не предусмотрен УСН. Как в договоре.