Как применять единый индекс к СМР в базисно-индексном методе

Разницы нет. Зимнее удорожание и временные здания и сооружения определяются по нормативам в % от стоимости строительно-монтажных работ.  Сметные программы позволяют устанавливать соответствующие флажки в настройках.

Она не может быть разная.
Пример1: Вы получили:  Итого по смете 4000руб. (в базе 2000г.)Это СМР.Например, индекс СМР перевода в текущие цены равен 5.Итого в текущих ценах 20000руб. Начисляем зимнее удорожание, к примеру 2,16%. Итого с учетом лимитированных затрат в текущих ценах 20432руб.
Пример 2: Итого по смете 4000руб. Итого с учетом лимитированных затрат 4086,4руб. Итого в текущих ценах: 4086,4х5=20432руб.

Максим, думаю вы путаете понятия "индекс по статьм затрат" и "индекс на СМР. СМР=ПЗ+НР+СП. Т.е. индекс на СМР применяется к стоимости с учетом накладных расходов и сметной прибыли. Поэтому индекс на СМР применяется только при подведении итогов.Индекс по статьям затрат - это индекс к ОЗП, ЭМ, ЗПМ, МАТ (прямые затраты). И соответственно, цена сметы получается разной.