В контракте появились исключаемые и включаемые работы. как оформить доп.соглашен

не совсем так...

Подрядчику нужно согласовать с заказчиком:
-1)   дополнительные работы, которые повышают твердую цену. Такой вывод можно сделать из п. 6 ст. 709 ГК РФ, который запрещает подрядчику требовать увеличения твердой цены, даже если ранее было невозможно предусмотреть полный объем работ. Однако, несмотря на твердую цену, закон не запрещает сторонам договориться о проведении дополнительных работ, размере и порядке их оплаты.

Для строительного подряда есть специальные правила, которые имеют приоритет перед общими (п. 2 ст. 702 ГК РФ), в частности:  

      стороны должны согласовать дополнительную смету, если заказчик планирует изменить техническую документацию и дополнительные работы превышают по стоимости 10% указанной в смете общей стоимости строительства (п. 2 ст. 744 ГК РФ). Если же допработы не превышают 10% и не меняют характера изначально согласованных работ, заказчик вправе изменять техническую документацию (п. 1 ст. 744 ГК РФ). Согласование с подрядчиком в этом случае не требуется;

подрядчик должен сообщить заказчику о необходимости проведения дополнительных работ и увеличения сметы, если он обнаружил не учтенные в технической документации работы. Если заказчик согласен с дополнительными работами и готов их оплатить, подрядчик вправе отказаться от них, только когда они не входят в его компетенцию либо не могут быть выполнены по независящим от него причинам (п. п. 3, 5 ст. 743 ГК РФ). Обратите внимание, что, если подрядчик не сообщил заказчику о необходимости выполнения допработ, не учтенных в технической документации, он не вправе требовать их оплаты, даже когда такие работы были включены в акт приемки, подписанный заказчиком (п. 10 Информационного письма Президиума ВАС РФ от 24.01.2000 N 51);

согласие на допработы не требуется, если их нужно провести немедленно в интересах заказчика. Например, когда приостановление работ может привести к гибели или повреждению объекта строительства (п. 4 ст. 743 ГК РФ). В таком случае рекомендуем при  первой возможности уведомить заказчика о проведении срочных работ.