Как правильно оформить КС2 и КС3

если лимитированные затраты предусмотрены договором,то можете их включить в КС-2

Вообще КС-2 должна соответсвовать не ЛСР, а договору

Лимитированые договором не оговорены

Если в договоре сумма такая же как и в ССр, значит договором предусмотрены лимитированные. Соответственно их нужно вставлять в КС-2

Если в договоре сумма та, что в смете, то ни о каких лимитированных речи не идет. И не важно что стоит в ССр. Тогда составляется КС-2 один в один как смета.

Сумма договора такая же, как в ССр

Согласен с Мариной

Почитайте сначала что такое лимитированные затраты.  Почитайте МДС про ЛС и ССР, из каких глав он состоит. Скачайте нормальную смету с сайта. Теперь посмотрите ССР и с ЛСР и проанализируйте. ССР был дан, чтобы подрядчик знал свои затраты.
КС2 и КС3-опять же изучайте матчасть-постановление Госкомстата № 100 от 99 г.