Подрядчиком применены понижающие коэффициенты 0,85, 0,8

Если смета выполнена в текущих ценах с применением индексов по статьям затрат необходимо применить к НР и СП  понижающие  К=0,85 и 0,8 соответственно, кроме того, т. к, не начисленно НДС 18% , то предприятие по налогообложению УСНО, следовательно еще К=0,94 и 0,9 соответственно. По поводу расценок ничего сказать не могу, так как нет Вашей  базы. Но Вы неправильно сделали два варианта.
При составлении сметы в ТЕР не нужно показывать материалы(расчет базисно-индексный, а не ресурсный). При обнулении материалов, если вы хотите, нужно ставить просто к=0 на материалы. Почему у Вас графа Всего=ОТР? У вас есть значения в механизмах. Вы,наверное, что-то делаете вручную!  

Очень плохо знаете. Понижающие коэффициенты не применяются, если смета составлена с переводом в текущие цены индексом на СМР, а если по статьям затрат или расценкам то никто не отменял. По этому поводу см. ранее были ответы с письмами Мин.региона и ФАУ по Строительству...
Кроме того, подрядчик имеет право вводить конкурсные снижения,почитайте закон ФЗ №94.

Существуют методики расчета. И нужно выполнять их так как положено, по МДС 35

В приложении МДС есть документы как они должны выглядеть : сметы, объектные,сводные и т. д.

А еще МДС 35 п.2.12Сборники ЕР разрабатываются в базисном уровне цен.......

Это просто образцы таблиц, Но нигде не написано, что нельзя показывать ресурсы  - я правильно поняла ваш ответ?