Несоответствие требований проекта сметной документации

Строительные работы выполняются в строгом соответствии с технической документацией (проект, описи работ и др.), а не по смете! (ну это в идеале конечно, зачастую многие открывают смету и шпарят по ней как по проекту))...
Смета определяет всего лишь ЦЕНУ работ по Контракту (читай по Проекту), и ни в коем случае не технологию производства работ.
Судя по этой логике, если ваша организация вышла на аукцион и победила с такими условиями как в Проекте огнестойкость 90 мин., а в смете 15 мин., то вы автоматически согласились выполнить работы по монтажу конструкций с огнестойкостью 90 мин. по цене огнестойкости 15 мин. Как бы это банально не звучало...

Откройте статьи 743 и 744 Гражданского кодекса. Там кое что есть, общими фразами правда.

От себя, могу посоветовать произвести корректировку сметной документации, а именно тех позиций, которые не соответствуют проекту, за счет высвободившихся или планируемых к высвобождению денежных средств по другим работам проекта или статьям сводного сметного расчета (например, в счет уменьшения объемов некоторых работ, в счет некоторых отпавших работ и др.).
Думаю, если у вас, как вы говорите, крупный объект, то наверняка такие моменты должны быть и вам не нужно будет просить у Заказчика дополнительного финансирования.
Мы таким макаром работаем постоянно. Постоянно возникают какие-либо дополнительные или не учтенные в смете работы  и в то же время появляются отпавшие работы. "Протоколим" все эти дела, корректируем или делаем доп.сметы и убиваем, таким образом, двух зайцев: и Заказчик осваивает в полном объеме (или почти в полном) ден.средства и Подрядчик не обижен, т.е. не за бесплатно выполняет доп.работы.