Прошу проверить смету на ремонт крыши

Вы говорите ремонт - а что именно ремонтируете? По смете вы просто готовое основания покрыли и все. Вы снимаете старое или нет? Потом коэффициенты к НР и СП применены не верно. Ремонтные 0,9/0,85 и УСН - 0,94/0,9.

К материалам по прайсу ТЗР можно применить 2% по ТЧ к ФССЦ.

ФЕРр69-09-1 добавьте в начало очистку "Очистка помещений от строительного мусора (шлака, мусора, боя кирпича)" Но тут много не будет, максимум 75кг с метра квадратного. Если там не забыли бадью с цементом, то в большее не поверят. Если, без экспертизы, то в очистке можно включить фантазию.
Кстати, праймер битумный на 100м2 - 37,8 литров, по моим расчётам. Дороговат он у Вас, однако. Но, если ФЕР12-01-016-01 пропускают, тогда не придираюсь.
Не знаю конструкции Вашей кровли, но ФЕР12-01-005-04 можно взять на дополнительную защиту свесов или к чему-нибудь там примыкает же кровельный ковёр.
ФЕР12-01-004-04 (например) обязательно должна быть.
Парапет, вент шахты, люки - не может быть без них. К ним всё примыкает, делают из оцинковки фартук обязательно.
Антенны ФЕРм10-05-010-06 (закладная), ФЕРм10-05-001-05, канализационные стояки ФЕРр58-21-1, ФЕР46-08-022-01
Пунктов 10 можно добавить, поговорив с прорабом.
ФССЦпг-01-01-01-041 и ФССЦпг-03-21-01-06 забыли.
Коэффициенты Вы как-то странно выставляете в программе, там же всё просто Параметры-Коэффициенты, дополнительно открываем Справочники- Коэффициенты - по первому плюсу щёлкаем - там п.8.7.1 - перетаскиваем в Параметры сметы.
Способ учёта - в каждой позиции - Применять для всех разделов. Виды работ 2001 для начисления - щёлкаем по общестрою, ставим галочки во всех позициях, кроме материалов.