как учесть в смете работу в ночное время

Это забота не сметчика, а администрации. ТК РФ гл. 21 ст.154

Видел сметы, где к зарплате пытались применить надбавку по отраслевому тарифному соглашению (п. 3.16)
Также встречал попытки применить коэф. к метро.

Всё зависит от Закзачика - может вдруг пропустит?

Но лично мне всегда казалось, что работа ночью "монтаж трубы в подвале магазина" дополнительно ничего накрутить нельзя.
Есть коэф. на стесненность (в действующем здании) - попробуйте = может пропустят?

Именно это и имел в виду

Да, накл.расх. на эти суммы начисляются, но сами сметные нормы расходы на работу в вечернюю и ночную смены не учитывают, иначе отраслевое соглашение (См.  п.3.16) надбавку за эти особые условия производства работ не защищало бы.