Как оформить возврат денег в бюджет за лом асфальтобетона

Полученные от попутной добычи материалы являются собственностью заказчика, в связи с чем заказчик обеспечивает контроль над возвратом подрядчиком материалов.
В случае дальнейшего использования подрядчиком материалов при строительстве объекта их стоимость подлежит оплате заказчику.
В случае невозможности использования или реализации материалов от попутной добычи, возвратные суммы не учитывается.
Во избежание споров порядок документирования и распоряжения материалами, полученными от попутной добычи, должен быть закреплен в договоре строительного подряда. Величина возвратных сумм материалов, получаемых в порядке попутной добычи, при наличии возможности их реализации, определяется из цены возможной реализации за вычетом из этих сумм расходов доставки в места складирования.
В Вашей смете возвратные суммы на крошку асфальтобетона справочно учтены (скорее всего, без вычета доставки), значит предусмотрена возможность её реализации, и при этом администрация требует не передать крошку асфальтобетона заказчику, а перечислить средства от её реализации, предусмотренные в смете в виде возвратных сумм. В договоре, скорее всего, не был предусмотрен порядок документирования и распоряжения материалами от попутной добычи. Использовать при строительстве, реализовать или перевезти на склад асфальтобетонную крошку - решает заказчик.
Нужно договорится с заказчиком о передаче крошки асфальтобетона подрядчику, аннулировать ранее составленный акт приёма-передачи от подрядчика к заказчику, перевезти и реализовать асфальтобетонную крошку.

Значит акт приема-передачи не был должным образом оформлен, в договоре не прописан порядок документирования и распоряжения материалами.

Нет, суть в том, что асфальтобетонная крошка, полученная путем попутной добычи при срезке асфальтобетонного покрытия, является собственностью заказчика.
Полученная подрядчиком асфальтобетонная крошка является частью оплаты за выполненные работы, учитывается в акте КС-2 как возвратные материалы из сметы со знаком "минус", а также на их  стоимость начисляется НДС со знаком "минус".