Закрытие договора в несколько этапов + доп.работы

Добрый день.
Прошу помочь разобраться.
Есть подписанный договор с фиксированной суммой, указанной в приложенной смете. Смета выполнена с индексами на 07.2016г. Договор закрывается кусками.
Остался небольшой кусочек, необходимость выполнения этих нескольких работ отпала. Подрядчик предоставляет вместо этих невыполненных работ КС-2 на доп.работы - практически на сумму невыполненных оставшихся работ по основной смете....Доп.работы сложились из увеличения объемов имеющихся в основной смете работ.
Как это грамотно оформить? Закрывать основной договор с меньшим объемом выполненных работ (на меньшую сумму) и делать доп.соглашение? КС-2 на доп.работы с текущими индексами (08.2017г.)? Или как? Чем руководствоваться?
Большое спасибо)