Изменение объемов работ в смете (муниципальный контракт)

Вы подрядчик или заказчик?  

Подрядчик.

Можете увеличить объемы без увеличения стоимости по согласованию с заказчиком.
Варианты
- в акте КС-2 закрываете фактические объемы, а итоговые стоимости оставляете как в смете были (вручную оформляете файл)
- в акте КС-2 закрываете фактические объемы работ, а в итогах вводите понижающий коэффициент (например, называете его "скидка подрядчика")
Думаю, что проверяющие (ревизоры и т.д.) не "зацепятся" за документы, т.к. по факту подрядчик согласен за те же деньги увеличить объемы работ. Но это всё возможно при условии, что перечень работ не меняется.
Или спросите своего заказчика как лучше оформить документы, чтобы ни к кому претензий не было впоследствии

да, конечно нужно оформить всё документально, тем более, что муниципальный контракт...
Изначально должна быть от кого-то инициатива по поводу изменения объемов работ (например, официальное письмо).
У заказчика должен быть акт об изменении объемов работ с указанием зачем и почему нужно увеличить объем работ (заказчику нужен этот документ для последующих финансовых проверок)
Доп соглашение - можете подстраховаться, и пописать доп об изменении объемов работ без увеличения стоимости по контракту.
Все изменения по контракту (договору) только официально.

а сейчас главный вопрос - а зачем всё это нужно оформлять, если по сути цена не изменилась. Подрядчику просто плюсик "в карму", что он за те же деньги выполнил качественно объем работ бОльший, чем изначально нужно было выполнить.
Не проще закрыться по смете (т.е. с объемами работ по смете), пожать друг другу руки и разойтись без дополнительно оформленных документов?

Если это относится к п.7 95 ст 44-ФЗ, то данные изменения опять же вносит заказчик

получается вы меняете виды работ? Есть лимит на непредвиденные?

Понятно , что ничего не понятно.
Скажем у Вас в смете 100 м скважина, вы пробурили 120 м, но денег хотите как за 100 м.
Подписывайте КС-ки на 100 м, и голову ни кому не грейте.  

первым делом вы должны оповестить заказчика о том, что "Та конструкция , которая заложена в смете заказчика не подходит для данных геологических условий и требуется изменения, а без изменения данной конструкции получить положительный результат невозможно" . Далее заказчик вам предлагает решения этой ситуации - или расторжение договора или заказчик сам предлагает как внести изменение в ту документация, у которой изначально "нет жизни" и приостанавливайте работу, иначе ещё и по срокам выполнения неустойка будет. Не "ройте себе яму", а почитайте ГК РФ Статья 716. Обстоятельства, о которых подрядчик обязан предупредить заказчика

1. Подрядчик обязан немедленно предупредить заказчика и до получения от него указаний приостановить работу при обнаружении:

непригодности или недоброкачественности предоставленных заказчиком материала, оборудования, технической документации или переданной для переработки (обработки) вещи;

возможных неблагоприятных для заказчика последствий выполнения его указаний о способе исполнения работы;

иных не зависящих от подрядчика обстоятельств, которые грозят годности или прочности результатов выполняемой работы либо создают невозможность ее завершения в срок.

2. Подрядчик, не предупредивший заказчика об обстоятельствах, указанных в пункте 1 настоящей статьи, либо продолживший работу, не дожидаясь истечения указанного в договоре срока, а при его отсутствии разумного срока для ответа на предупреждение или несмотря на своевременное указание заказчика о прекращении работы, не вправе при предъявлении к нему или им к заказчику соответствующих требований ссылаться на указанные обстоятельства.

3. Если заказчик, несмотря на своевременное и обоснованное предупреждение со стороны подрядчика об обстоятельствах, указанных в пункте 1 настоящей статьи, в разумный срок не заменит непригодные или недоброкачественные материал, оборудование, техническую документацию или переданную для переработки (обработки) вещь, не изменит указаний о способе выполнения работы или не примет других необходимых мер для устранения обстоятельств, грозящих ее годности, подрядчик вправе отказаться от исполнения договора подряда и потребовать возмещения причиненных его прекращением убытков.

Вот это правильный путь.
При этом Заказчик так же должен включить в договор стоимость дополнительных работ согласно изменениям.