Разные индексы в договоре

Если на все помещения будет один договор , то индексы должны быть  одного месяца. Даже ,если выполнение будет оформляться в течение 3-х месяцев. Если сметы были выполнены в прошлом году и без индекса-дефлятора на март этого года, то эти сметы нужно объединить или оставить по помещениям, с пересчетом  единых индексов на февраль ( других еще нет) или март ( которые будут) для получения более достоверной договорной стоимости работ и материалов.

в п. 4.33 речь идет об объектной смете, которая собирает данные локальных смет на отдельные части здания. Все равно, сметы должны быть с общим знаменателем, т.е. с индексами на один период. Индексы могут быть на период, предшествующий дате заключения договора или на более ранний период, как в вашем случае. Если сметы оставить с разными индексами ( если так удобнее кому-то), то придется стоимость работ по  смете с более ранним периодом индексирования сделать основной к договору, а две другие ,каждая со своими индексами, будут приложены к доп.соглашениям, с указанием причины .
Но, проще всего принять тот вариант, о котором шла речь выше. Пересчитать все февралем.