НДС в ССРСС

В ССРСС НДС начисляется в любом случае. Командировочные затраты учитываются в соответствии ст.168 ТК РФ. И это не единственный случай, когда затраты не облагаются налогом. Например, затраты по предоставлению банковской гарантии, страхование объекта тоже не включают НДС и учитывается в гл.9 ССРСС по цене договора, а на всю стоимость объекта накручивается НДС.

Да

Просмотрела 421 приказ (п. 181), и там указано, что расчет суммы НДС выполняется от итогов глав 1 - 12 сводного сметного расчета с учетом резерва средств на непредвиденные работы и затраты, за исключением стоимости работ и услуг, не подлежащих налогообложению в соответствии со статьей 149 Налогового кодекса Российской Федерации.

Все зависит от способа расчета. Подрядчик - он да, оплачивает услуги аренды без НДС.
А вот вам он уже выставляет счет-фактуру за комплекс работ, по КС-3, т.е. по сути вы не аренду оплачиваете, а комплекс затрат Подрядчика, а деятельность подрядчика, в любом случае облагается НДС.
А то может он материалы у ИПшника без НДС покупает, тогда эти материалы тоже исключить из расчета налогооблагаемой суммы.
А вот если Подрядчик выставляет счет-фактуру именно на проживание работников, и эту счет-фактуру вы оплачиваете, то в ней НДС не должно быть.