Устройство временных зданий и сооружений

Добрый день! Лимит средств на ВЗиС закладывается в ССР на этапе формирования стоимости объекта.
Оплату за ВЗиС подрядчику необходимо производить согласно условиям договора, либо % без расшифровки, либо по отдельной смете
Приложенный акт - отражение факта произведенных работ. Данный акт еще не означает что подрядчик предъявил что-либо к оплате

Дело даже не в том как они учитываются, а  в первую очередь  как у вас определена цена договора: твердая или оплата по факту выполненных работ. Если  цена договора твердая, то ВЗиС раскидываются по локальным  сметам и оплачиваются пропорционально в соответствие с КС-2. Никаких "оправдательных" документов вам подрядчик не обязан предоставлять на эту сумму. Если оплата договорной цены производится по факту выполненных работ, то подрядчик предоставляет заказчику ЛСР, КС-2,форму КС-3 на эти работы. КС-2, КС-3 это документы первичного учета, в в первую очередь  для налогообложения (НДС ведь надо платить). Если вы этого не сделаете, то налоговая всё равно заставит рано или поздно. Такой же порядок применим, например,  для непредвиденных расходов подрядчика и прочее. А ваш акт, подписанный сторонами, лишь подтверждает факт производства работ по устройству ВЗиС. А дальнейший ход действий по предыдущему сценарию Такова позиция Госстроя и арбитражных судов.

"Заказчик оплачивает Подрядчику выполненные и принятые работы на основании подписанных обеими Сторонами: актов о приёмке выполненных работ (форма КС-2), справок о стоимости выполненных работ и затрат (форма КС-3)..."

По моему мнению раз в договоре нет конкретики по ВЗИС, то можно принимать процентовки у подрядчика на оплату согласно сметы контракта, т.е. как в смете контракта так и в КС-2.
Но, если вы заказчик можете проанализировать что дороже отдать% или по конкретным позициям. И направить подрядчика по выгодному для вас варианту.
Формулировка договора не содержит понятия "твердая цена", согласно которой ВЗиС и Непредвиденные отдаются в % без расшифровки.
Понятие "предельная стоимость" подразумевает наличие колебания цены в меньшую сторону, но никак не привышение указанной.
Поэтому смело можете включать режим экономии и оплачивать подрядчику ту стоимость которую он сможет подтвердить