Суммы КС-2 и сметы

Полностью согласен с Галиной.
При заключении Договора Подрядчик согласился на ЕГО условия, в том числе согласился и на УРОВЕНЬ ЦЕНЫ договора подряда. В данном случае имеется ввиду, что, заключая договор весной текущего года, Подрядчик согласился с его стоимостью, принятой в уровне цен 4 квартала предыдущего года.
Это они верно ссылаются. Бесспорно.
И процентуются они тоже правильно, в вашем случае, индексами по статьям затрат.
Однако при таком подходе бывают ситуации (бывают-бывают!), когда при процентовании по статьям затрат форма КС-2 "не добирает" сметную стоимость локальной сметы. А цена договора ТВЕРДАЯ!)) вот тут, как правило, кто в лес, кто по дрова! Но это не Ваша ситуация.
У Вас же ситуация проще простого. За итогом формы КС-2 применяете понижающий индекс в договорные цены. И ничего страшного, что он нигде ранее не фигурировал (ни в договоре, ни в смете).