Получается, что вычитаемая цена будет дороже, чем та, которая сидит в расценке

Тоже недавно сталкивался с такой проблемой, только с сентябрем 11 года работал, поломал голову и удалил по "расценочному" индексу (у вас это 2.72)

У меня не к смете коэффициенты, а к расценкам, отдельно на материалы (2,72), эксплуатацию и зп, а еще есть индекс в ТССЦ к каждому материалу, когда в расценке много ресурсов, к ним применяется один усредненный коэффициент, а если вычесть из расценки материал, то он уже вычитается с коэффициентом своим (по ценнику). А в данном случае материал как бы только один, а к-ты к расценке и в ценнике разные. Вычитать например нужно, если по проекту другой материал или материал уже есть и нужны только работы.

В 15-01-047-15 нет вспомогательных материалов

Галина, А что значит расчет для заказчика?

Это что-то новенькое. Обычно исключаешь с индексом, а добавляешь в текущих (техчасть к индексам для ФЕР для Москвы).